15 октября 2004 года муниципальное образование город Борисоглебск-район было преобразовано в городской округ, 2 июня 2005 года было утверждено наименование Борисоглебский городской округ. Борисоглебск-район как административная единица, образованная в 1996 году в результате преобразования Борисоглебского района, был переименован в Борисоглебский городской округ в 2006 году.
В ОКАТО это преобразование не отражено: выделяются как независимые единицы город областного подчинения Борисоглебск и Борисоглебский район, точно так же выделялись и во Всероссийской переписи населения 2002 года. Во Всероссийской переписи населения 2010 года Борисоглебский городской округ как административно-территориальная единица отмечен. В автоматизированном государственном каталоге географических названий: город областного подчинения Борисоглебск с подчинёнными населёнными пунктами.
Наименование Борисоглебский район на практике используется и в наше время (причём город включается в административный район), в том числе в официальных документах, также встречается одновременное использование наименований Борисоглебский район и Борисоглебск город-район.